Windows の Vim の保存時の挙動のせいで、知らず知らずのうちに Cygwin 上でのパーミッションを書き換えてしまう。
それを回避する設定があったので、以下の一行を追加した。
setbackupcopy=yes
no の時は、ファイルを一旦バックアップ用にリネームして、新しいファイルとして保存してしまう。
yes の時は、バックアップはコピーで生成し、上書き保存をする。 Windows 版のデフォルトは auto で、副作用がない場合に限り no になるはずだが、Cygwin のことは関知しないので問題になるようだ。